微生物種為繁多、分布廣泛，被劃分成各種類型。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細菌、病毒和寄生蟲。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害，只有細菌、病毒、寄生蟲能引起食品的生物危害，使食品不安全。
1、細菌的危害
各類食物中毒中細菌性食物中毒占食物中毒總數的50%左右， 細菌性食物中毒以胃腸道癥狀為主，常伴有發熱，其潛伏期相對于化學性的較長。較明顯季節特點，好發于夏秋季氣溫和濕度較高的季節，常常為集體突然暴發，發病率高，病死 率低好. 常見的細菌性食物中毒病原菌有沙 門氏菌屬、葡萄球菌、付溶血性孤菌、肉毒梭菌、致病性大腸菌等。
2、真菌的危害
微生物中只有真菌具有真正的細胞核和完整的細胞器，故又稱真核細胞型微生物。真菌在自然界中分布極廣，有十萬多種，其中能引起人或動物感染的僅占極少部分，約300種。可以引起真菌感染，變態反應性疾病，中毒性疾病等。人和畜禽一次性攝入含有大量真菌毒素的食物，往往會發生急性中毒，長期少量攝入會發生慢性中毒。根據真菌毒素作用的靶器官，可將真菌毒素分為肝臟毒、腎臟毒、神經毒、光過敏性皮炎及其他5種可以使實驗動物致癌的真菌毒素有黃曲霉毒素、雜色曲霉素、黃天精、環氯素和展青霉素。
深芬儀器CSY-YG701真菌毒素快速檢測儀應用競爭抑制免疫層析的原理，通過檢測線熒光定量卡中的熒光強弱程度，定量分析待檢樣品中真菌毒素殘留含量。能夠快速定量檢測糧食、飼料、谷物、食用油、調味品等食品中T2毒素、嘔吐毒素、赭曲霉毒素、伏馬毒素、玉米赤霉烯酮，真菌毒素快速檢測儀適用于糧油監測中心、糧油飼料生產加工、食品加工貿易、畜禽養殖戶自查、工商質監部門用于市場快速篩查等。
3、病毒的危害
我國食品的病毒性污染以肝炎病毒的污染最為嚴重，有顯著的流行病意義。其中甲型肝炎、戊型肝炎被認為是通過腸道傳播，即糞--口途徑，其中相當一部分人是通過被污染的食品而感染。
4、寄生蟲的危害
污染食物的常見食源性寄生蟲可分為六大類，30余種。寄生蟲病正是由不衛生的飲食習慣造成的，易引發豬帶絳蟲、牛帶絳蟲病、肺吸蟲病、肝吸蟲病等。
